Το υπουργείο Οικονομικών ενέταξε το έργο με τίτλο «Έκθεση διαχρονικού-θεματικού αρχαιολογικού μουσείου Αγαθονησίου» στο Ταμείο Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας, το οποίο χρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση και αφορά ιδίως σε οικοδομικές και ηλεκτρομηχανολογικές εργασίες στο οίκημα της Έκθεσης, στην προμήθεια εξοπλισμού για τους εσωτερικούς εκθεσιακούς και λοιπούς χώρους καθώς και σε εργασίες καταγραφής, συντήρησης και τοποθέτησης των εκθεμάτων.
Στις παρυφές της ανατολικής κλιτύος της χερσονήσου Καστράκι, απέναντι από τις μικρασιατικές ακτές, στην είσοδο του ομώνυμου αρχαιολογικού χώρου, χωροθετείται το διώροφο μουσειακό κέλυφος, συνολικού εμβαδού 430,30 τ.μ., όπου θα στεγαστεί ή «Έκθεση του Διαχρονικού - Θεματικού Αρχαιολογικού Μουσείου Αγαθονησίου».
Στο μουσείο θα φιλοξενηθούν κυρίως πρωτότυπα αλλά και αντίγραφα από τέχνεργα που έχουν βρεθεί στην παρακείμενη ανασκαφή στο Καστράκι. Θα παρουσιαστούν για πρώτη φορά στο επιστημονικό και στο ευρύτερο κοινό εκθέματα που σχετίζονται με τη μορφή του οχυρού και τις δραστηριότητές του από την ύστερη κλασική περίοδο (4ος αι. π. Χ.) έως και τους ρωμαϊκούς χρόνους (μέσα 2ου αι. μ. Χ.), ενώ δεν θα απουσιάζουν και ευρήματα της περιοχής, που υποδηλώνουν την ύπαρξη κατοίκησης από τα τέλη της 3ης π. Χ. χιλιετίας.
Η έκθεση θα διαρθρώνεται σε εννέα θεματικές ενότητες, μέσω των οποίων θα παρουσιάζεται το χρονικό των ανασκαφών στο Καστράκι, όπου τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα και τα κινητά ευρήματα από το αρχαίο οχυρό αποτυπώνουν την ανθρώπινη δραστηριότητα στο χώρο και εξιστορούν την εξέλιξη του νησιού, των ανθρώπων και των δραστηριοτήτων τους.
Σκοπός της αφηγηματικής διαχρονικότητας της έκθεσης είναι η προβολή της ιστορικής συνέχειας και της ανθρώπινης παρουσίας στο Αγαθονήσι από την Αρχαιότητα έως τις αρχές του 20ου αι., προβάλλοντας, ανά θεματική ενότητα, πτυχές και δραστηριότητες του ιδιωτικού βίου και της πολιτικής και κοινωνικής οργάνωσης της μικρής νησιωτικής κοινωνίας της αρχαιότητας, οι οποίες είναι σχεδόν κοινές ή παρόμοιες με τις σημερινές.
Σύμφωνα με την εγκεκριμένη μουσειογραφική μελέτη, βασικές αρχές της έκθεσης είναι η αίσθηση μιας άμεσης σχέσης ανάμεσα στον επισκέπτη και το έκθεμα με την κατασκευή, κατά περίπτωση, ανοικτών προθηκών και πάγκων καθώς επίσης και ο εμπλουτισμός της με σχεδιαστικό και φωτογραφικό υλικό αλλά και με την εφαρμογή πολυμεσικών εφαρμογών.